Tiếp theo sự kiện trong movie Ghost in the Shell đầu tiên, thiếu tá Motoko Kusanagi đã bỏ cơ thể và trở thành một linh hồn trong mạng. Điều này khiến Batou phải đảm nhận vai trò chỉ huy tiểu đội 9 để điều tra về những gynoid (một dạng robot) giết người hoàng loạt.